与设立股份有限公司不同，订立发起人协议不是设立有限责任公司的法定必经程序。但在现实中，许多发起人股东仍然会在启动设立程序之初，订立一份具有相同性质的协议，其名称或称合作经营协议，或称共同投资协议。与旨在规范成立后的公司及其成员行为的公司章程不同，发起人协议重在明晰和规范发起人在公司设立阶段的权利义务。故一般认为，在公司成立以后，发起人协议对公司成员不再具有约束力，其相应的功能随即让位于公司章程。当然，也有观点认为，发起人协议在公司成立后并不会失效，其与公司章程是并行有效的两种法律文件，当发起人协议与公司章程存在冲突时，应透过现象看本质，倾向于以发起人协议为准的原则，保护公司创始人的利益，维护创始人的创业意图。但可以确定的是，发起人协议主要就是约束发起人之间的协议，对发起人有效；而公司成立后，通过增资等方式新加入的股东仅受公司章程的约束。

那么，当发起人协议（公司内部约定）与公司章程（公司登记）不一致时，股东权该如何认定？股东权的司法认定，可以发生在公司内部关系和公司外部关系两个方面。在此问题上，目前公司法理论和审判机关的基本共识是：公司处理内都事务时，以股东名册为依据；公司外部关系的处理，以公司登记机关的登记作为识别股权的标准。但当公司没有置备股东名册，而股东之间有类同于发起人协议的内部约定，而且该协议约定关于各股东所特股权的记载与公司登记机关存档的公司章程记载不一致，在此情況下，如何确认双方股东的股权呢？我们认为，在处理有限责任公司内部关系的案件中，当发起人协议与公司章程不一致时，对于股权的确认，原则上应当以公司章程为依据，但实务当中存在一些特殊情况需要关注。

1. 公司注册登记委托中介机构代理，公司章程非股东本人签署。这种情况在由自然人投资、规模较小的公司中比较常见。这些小型公司往往注册在经济开发区、私营经济城中，由专门的企业登记代理机构接受委托代办注册，为公司提供垫资、验资、工商登记、税务登记等一条龙服务。其中作为公司登记必备文件之一的公司章程，一般也是由代理机构人员签署，但章程的重要事项和特殊事项根据股东中直接委托方的意思制定。实践中，私营经济城出于招商引资的需要，代理机构出于赚取代理费的需要，它们对于应当由自然人股东自己签署的文件未予严格把关，对于委托人的授权未予严格审核，从而导致股东之间对于公司登记的后果产生纠纷。

2. 发起人协议由各股东本人订立，真实反映了各股东的真实意思。以发起人协议作为依据来确认股权的前提条件，首先是公司章程非股东本人签署。此外，还需查证下列部分或全部事实，从而与发起人协议相互印证：①缴纳出资的凭证，如出资证明书、付款凭证等反映出各股东的投资份额；②股东表决权在行使过程中反映出各股东所代表的股权份额；③股东盈余分配上反映出各股东所实际持有的股权份额。但发起人协议对股东间还具有一定的约束力，如果协议中约定了股东权利义务，而后的公司章程与该约定不矛盾或未进行改变约定，则该约定不可对抗公司但可以对抗股东，如果股东不按协议行事，则构成对其他股东违约，要承担违约责任，这一点在法院审判的案例中有所体现。

3. 股东在后一致签署的文件有权改变在先制定的公司章程。根据《公司法》第三十七条的规定，股东会行使修改公司章程的职权；股东以书面形式一致表示同意的事项，也可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签章。根据这一规定，即便公司章程关于股权份额的记载对于各股东有约束力，但事后全体股东可以以一致决定的方式（如签署确认书、签订协议等）对股权份额重新予以确定。因此，形成于公司章程之后的全体股东的一致决定，不论其内容的定性上是对持股比例的内部划分，还是对股权份额的变更，均不影响其对公司内部股权关系的约束。特别是关于增资认购比例和红利分配比例的变更一致性约定，此时必须是股东的一致性约定，而不是写在章程中。关表决权处分、股权转让特別约定，应当写入章程或章程修正案中。即使是股东一致约定而未写在章程中，则不可对抗第三人，如果股东间有一致性约定，处分了分红比例，股权转让后，对新股东产生两种结果，其一是如果原股东约定不按出资比例分红，且受让股东获得了多于受让股权比例的分红比例，则可按该比例承继原股东权利：其二是如果少于继受股权比例，则要求受让人受让股权时询问原全部股权是否有一致约定，如询问被告知己有约定，则该约定对其无效。

以上情形，当发起人协议与公司章程存在冲突时，股东权利的确认应该以发起人协议为准，因为发起人协议最能体现公司发起人的本意。现实中，往往存在发起人协议内容与公司章程不一致的情形，这些情况的发生或因操作不规范，或因规避法律禁止性、限制性规定，为使工商备案顺利通过而隐瞒真实情况，如代持出资等，尤其当新进股东与原始股东之间发生分歧时，更应该考察现象下的本质，保护原始股东即发起人的根本利益。国瓴律所将充分发挥专业优势，切实帮助企业防范相关法律风险；我们还将根据行业发展和企业实际，为企业提供更多形式、更加丰富的法律服务项目，指引企业科学决策，规范发展。